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La Agencia Nacional de Investigación e Innovación esta concebida como una institución relativamente pequeña, de funcionamiento ágil, con mecanismos abiertos y transparentes de asignación de recursos y procedimientos sistemáticos de evaluación interna y externa. Tiene como forma institucional la de una persona pública no estatal y una de sus orientaciones estratégicas será la de promover en todo el territorio nacional las políticas de estado que hayan sido definidas.